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A história da série se passa no ano de 2196, quando a Terra está em guerra contra uma raça de invasores alienígenas, os chamados "jupterianos". Após a derrota sofrida na Primeira Batalha de Marte, a Terra necessita de constante proteção em relação aos ataques desses inimigos, que utilizam naves não-tripuladas, tornando sua real aparência um mistério até os episódios finais. O destino do planeta então se encontra nas mãos da Nergal (ou "Industrias Nergal" como é apresentado no anime dublado), um poderoso conglomerado industrial que acaba de construir a última esperança para a salvação da Terra: uma poderosa nave de batalha, a ND-001 Nadesico. O que a Nergal não contava era que a tripulação seria o principal problema da nave.